Евгений Никитин родился в Мурманске. В 1997 году окончил Санкт-Петербургскую государственную консерваторию имени Н. А. Римского-Корсакова (класс Булата Минжилкиева). Лауреат международных конкурсов оперных певцов имени Н. К. Печковского (1996) и имени Н. А. Римского-Корсакова (1998) в Санкт-Петербурге, а также конкурса имени П. И. Чайковского в Москве (1998).
Еще студентом IV курса Евгений был приглашен в труппу Мариинского театра (1996), где с тех пор принимает участие в самых значительных постановках. Исполнил более 30 партий, включая заглавные роли в операх «Евгений Онегин» Чайковского, «Дон Жуан» и «Свадьба Фигаро» Моцарта, «Демон» Рубинштейна, «Князь Игорь» Бородина, «Алеко» Рахманинова. За исполнение партии Григория Грязного в «Царской невесте» Римского-Корсакова был удостоен высшей театральной премии Санкт-Петербурга «Золотой софит» (номинация «Лучшая роль в музыкальном театре», 2005).
Особое место в репертуаре Никитина занимают вагнеровские партии: Голландец («Летучий голландец»), Вотан («Золото Рейна», «Валькирия», «Зигфрид»), Амфортас и Клингзор («Парсифаль»), Гунтер («Гибель богов»), Фазольт («Золото Рейна»), Генрих Птицелов и Фридрих фон Тельрамунд («Лоэнгрин»), Погнер («Нюрнбергские майстерзингеры»). Музыке Вагнера посвящен и первый сольный альбом певца, записанный в 2015 году с Льежским филармоническим оркестром под управлением Кристиана Арминга. В него вошли сцены из опер «Лоэнгрин», «Тангейзер», «Летучий голландец» и «Валькирия».
Евгений Никитин выступает на крупнейших сценах мира: в их числе Парижская национальная опера, Театр Елисейских Полей, Венская и Баварская государственные оперы, Цюрихская опера, Нидерландская национальная опера, Королевский театр Мадрида, Метрополитен-опера в Нью-Йорке, Лирическая опера Чикаго, Канадская оперная компания; на фестивалях в Зальцбурге, Экс-ан-Провансе, Вербье, лондонском BBC Proms, Пасхальном фестивале в Баден-Бадене, Шлезвиг-Гольштейнском фестивале.
Среди наиболее заметных ангажементов последних лет – «Узник» Даллапикколы в Парижской опере и в Мариинском театре (российская премьера, главная роль), «Огненный ангел» Прокофьева в Баварской опере, «Фиделио» Бетховена на Венском фестивале, концертное исполнение «Лоэнгрина» Вагнера с Королевским оркестром Консертгебау и Марком Элдером. Евгений Никитин выступил в серии премьерных показов «Тристана и Изольды» в Метрополитен-опере, где исполнил партию Курвенала.
В 2022 году дебютировал в Большом театре, исполнив заглавную партию в опере «Дон Жуан» Моцарта.
В числе постановок Мариинского театра, записанных с участием Евгения Никитина, – «Борис Годунов» Мусоргского, «Семён Котко» Прокофьева, «Царь Эдип» Стравинского, «Золото Рейна» и «Парсифаль». Никитин участвовал в записях Восьмой симфонии Малера и драматической симфонии «Ромео и Джульетта» Берлиоза с Лондонским симфоническим оркестром и Валерием Гергиевым, а также «Летучего голландца» с оркестром «Музыканты Лувра» и Марком Минковски.
